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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Semiárido. Para informações adicionais entre em contato com cpatsa.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
13/09/2023 |
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Data da última atualização: |
17/01/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. |
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Afiliação: |
JOSÉ RIBAMAR COSTA FERREIRA-NETO, UFPE; MANASSÉS DANIEL DA SILVA, UFPE; ELISEU BINNECK, CNPSO; NATONIEL FRANKLIN DE MELO, CPATSA; RAHISA HELENA DA SILVA; ANA LUIZA TRAJANO MANGUEIRA DE MELO, UFPE; VALESCA PANDOLFI, UFPE; FERNANDA DE OLIVEIRA BUSTAMANTE, UFPE; ANA CHRISTINA BRASILEIRO-VIDAL, UFPE; ANA MARIA BENKO-ISEPPON, UFPE. |
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Título: |
Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Plants, v. 12, 3246, 2023. |
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Páginas: |
23 p. |
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DOI: |
10.3390/plants12183246 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Stylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies. MenosStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Aquaporinas; Bioma Caatinga; Elementos móveis; Genoma nuclear; PRR-genes; R-genes. |
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Thesagro: |
Leguminosa; Stylosanthes Scabra. |
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Thesaurus Nal: |
Aquaporins; Drought; Nuclear genome. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 14 | |
| 2. |  | SILVA, K. J. D. e; CORREIA, C. N.; SILVA, M. D. da; ROCHA, M. de M.; KIDO, E. A. Seleção de genitores e diversidade genética entre linhagens de feijão-caupi de porte ereto e prostrado via marcadores moleculares EST-SSR. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 4., 2016, Sorriso. Feijão-caupi: avanços e desafios tecnológicos e de mercado: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 187. Na publicação: KAESEL JACKSON DAMASCENO-SILVA.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 3. | | CORREIA, C. N.; SILVA, M. D. da; OLIVEIRA, I. C. de; SILVA, K. J. D. e; ROCHA, M. de M.; KIDO, E. A. Diversidade genética em feijão-caupi de porte ereto e prostrado para seleção de genitores via marcadores moleculares EST-SSR. In: REUNIÃO ANUAL DA SBPC, 62., 2010, Natal. Ciências do mar: herança para o futuro: anais/resumos. [s.l.]: SBPC, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 4. | | FERREIRA-NETO, J. R. C.; SILVA, M. D. da; BENKO-ISEPPON, A. M.; PANDOLFI, V.; BINNECK, E.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; KIDO, E. A. Inositol phosphates and Raffinose family oligosaccharides pathways: Structural genomics and transcriptomics in soybean under root dehydration Plant Gene, v. 20, 100202, 2019. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 5. | | SOUZA, M. C. P. de; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; CABRAL, G. A. de L.; ISEPPON, A. M. B.; POMPELLI, M. F.; ENDRES, L.; KIDO, E. A. RNA-Seq transcriptome analysis of Jatropha curcas L. accessions after salt stimulus and unigene-derived microsatellite mining. Industrial Crops & Products, v. 147, 112168, 2020. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 6. | | FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. Plants, v. 12, 3246, 2023. 23 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
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| 7. | | CABRAL, G. A. de L.; BINNECK, E.; SOUZA, M. C. P. de; SILVA, M. D. da; FERREIRA NETO, J. R. C.; POMPELLI, M. F.; ENDRES, L.; KIDO, E. A. First expressed tfome of physic nut ( Jatropha curcas L.) after salt stimulus. Plant Molecular Biology Reporter, v. 38, p. 189-208, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 8. | | CORREIA, C. N.; SILVA, R. L. de O.; FERREIRA NETO, J. R. C.; ALMEIDA, J. C. Q. P. de; SILVA, M. D. da; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A. Desenvolvimento de marcadores moleculares AFLP para mapeamento genético em feijão-caupi. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 4 p. 1 CD-ROM. (Incaper. Documentos, 11).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 9. | | AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; SILVA, R. L. O. da; CORREIA, C. N.; SILVA, M. D. da; CARVALHO, R. de; HORRES, R.; MORETZSOHN, M. de C.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; MONTE, S. J. H.; PANDOLFI, V.; ANDRADE, G. P.; PIO-RIBEIRO, G.; KIDO, É. A.; BENKO-ISEPPON, A. M. Mapa genético de feijão-caupi com marcadores derivados de marcadores gênicos e não codificantes. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: SBMP: Incaper, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. | | AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; SILVA, R. L. O. da; CORREIA, C. N.; SILVA, M. D. da; CARVALHO, R. de; HORRES, R.; MORETZSOHN, M. de C.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; MONTE, S. J. H.; PANDOLFI, V.; ANDRADE, G. P.; PIO-RIBEIRO, G.; KIDO, É. A.; BENKO-ISEPPON, A. M. Mapa genético de feijão-caupi com marcadores derivados de marcadores gênicos e não codificantes. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 4 p. 1 CD-ROM. (Incaper. Documentos, 11).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 11. | | SANTOS-SILVA, C. A. dos; FERREIRA-NETO, J. R. C.; AMADOR, V. C.; BEZERRA-NETO, J. P.; VILELA, L. M. B.; BINNECK, E.; RÊGO, M. de S.; SILVA, M. D. da; MELO, A. L. T. M. de; SILVA, R. H. da; BENKO-ISEPPON, A. M. From gene to transcript and peptide: a deep overview on non-specific lipid transfer proteins (nsLTPs). Antibiotics, v. 12, n. 5, 939, 2023. 26 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 12. | | FERREIRA-NETO, R, C.; ARAÚJO, F. C. de; SILVA, R. L. de O.; MELO, N. F. de; PANDOLF, V.; FROSI, G.; MORAIS, D. A. de L.; SILVA, M. D. da; RIVAS, R.; SANTOS, M. G.; AIDAR, S. de T.; MORGANTE, C. V.; BENKO-ISEPPON, A. M. Dehydration response in Stylosanthesscabra: transcriptional, biochemical, and physiological modulations. Physiologia Plantarum, 174, e13821. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 13. | | AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; SILVA, R. L. O. da; CORREIA, C. N.; SILVA, M. D. da; CARVALHO, R. de; HORRES, R.; MORETZSOHN M. de C.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; PANDOLFI, V.; BARBOSA P. F. de A.; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; MONTE, S. J. H. do; KIDO, E. A.; BENKO-ISEPPON, A. M. Mapeamento genético e marcadores moleculares associados à resistência do feijão-caupi ao vírus do mosaico severo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 12., 2009, Fortaleza. Desafios para a produção de alimentos e bioenergia: livro de resumos. Fortaleza: SBFV: UFC: Embrapa Agroindústria Tropical, 2009. p. 30. Resumo 78.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 14. | | AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; SILVA, R. L. O. da; CORREIA, C. N.; SILVA, M. D. da; CARVALHO, R. de; HORRES, R.; MORETZSOHN, M. D. C.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; PANDOLFI, V.; BARBOSA, P. K. de A.; ANDRADE, G. P. de; PIO RIBEIRO, G.; MONTE, S. J. H. do; KIDO, E. A.; BENKO ISEPPON, A. M. Mapeamento genético e marcadores moleculares associados à resistência do feijão-caupi ao vírus do mosaico severo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 12., 2009, Fortaleza. Desafios para a produção de alimentos e bioenergia: livro de resumos. Fortaleza: SBFV: UFC: Embrapa Agroindústria Tropical, 2009. Resumo 78.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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